黄飞鸿的侠义事迹曾多次被搬上银幕，本片由资深导演王风执导，饰黄飞鸿、石坚饰申九蚣，配搭新鲜。故事讲述，黄飞鸿（史仲田）是清末民初名震岭南的着名拳师，平素以行侠仗义、排解纠纷为己任；除了设馆授徒之外，并医治跌打济世，在武林中极有声望。某天正值黄飞鸿宝芝林药局新张吉庆，德记?栏主人周立德（井淼）前来道贺，并希望黄飞鸿能够帮助他在来年观音诞时抢得丁财炮……

明朝崇祯15年，全国内忧外患，大将孙传庭（戴立忍 饰）临危受命带着妻子冯氏（冯波 饰）来到潼关抵抗李自成的军队。与此同时游医吴又可（冯远征 饰）怀着济世救人之心来到潼关拜访师傅——药局提领赵川（钱学格 饰）。大敌当前，孙传庭军中士兵染上怪病，同时还要面对崇祯皇帝（余少群 饰）的催促出兵和潼关豪绅顾清远（马精武 饰）等人的自私敛财。赵川因施救不力以身殉职，吴又可在危难之时挺身而出，靠着不同寻常的治疗方法与孙传庭惺惺相惜。最后瘟疫终于被控制住，但是国家的病症能否被战争治好吴又可和孙传庭都无法预料。

明朝嘉靖年间，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，整个朝野被牢牢掌控在严党党魁——奸相严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺观海方丈隐居达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程闻道、高剑雄、海大力与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂，药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目的，严世藩借平倭之名调走了少林武僧团，又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，