国际安全局的王尚恩（安志杰 饰）率万飞（周杰伦 饰）等部下远赴约旦，押送制造天花病毒变体的科学家肯纳，岂料王尚恩叛变将肯纳劫走，万飞头部受重伤，他同队中的心上人也在这次任务中身亡。三个月后，王尚恩等人研制的病毒造成一艘货船上的人们尽数死亡，而他此时准备贩卖疫苗谋取暴利；万飞在医院中被告知头部的子弹无法取出，神经受损导致他两周后会有生命危险，万母向其透露他有一个失散多年的哥哥。为了完成母亲心愿，万飞前往吉隆坡寻找哥哥万阳（谢霆锋 饰）。飞机上与万飞同行的简博士恰巧是王尚恩一伙准备用来替换肯纳的病毒专家，简博

风暴小队在护送任务中遭遇幽灵小队伏击，队长高瞻（于荣光 饰）在队友舍身掩护下死里逃生。半年后高瞻与庞剑（邢恩 饰）带领的猛虎小队为营救科学家，与幽灵小队再次针锋相对。在营救人质的过程中逐渐挖掘出背后隐藏的巨大阴谋。高瞻与猛虎小队再次被伏击，被逼入困境绝地反击，原来一切都在高瞻计划之中，最终高瞻与庞剑二人携手与敌对势力展开生死对决。