一群美国考古队员在埃及沙漠底下挖掘出了一个深埋地底的古老金字塔，当他们深入地底探秘，却迷失在黑暗无尽的地下墓穴之中，他们绝望的找寻光线及逃生出路时，他们才了解，他们不仅仅是受困其中，而是正被什么东西猎杀。

墨西哥及尤卡坦半岛上，有着闻名世界的玛雅人库库尔坎金字塔。在金字塔中的秘密通道里，有一个可以通往龙之谷大陆的传送门。传说，龙之谷大陆是羽蛇神·库库尔坎居住的大陆，在龙之谷大陆中的，封印着一枚神秘的库库尔坎纹章。库库尔坎纹章上记录了玛雅人关于对天文研究的方法及5个预言的簪文，以及玛雅鼎盛时期的贵族黄金宝藏。拥有库库尔坎纹章的国家，除了能获知玛雅人天文、数学方面的高超算术能力成为统治“天空霸主”之国外，而库库尔坎纹章的使者更可掌握死亡和重生的权能。一次偶然的机会，印第安纳·琼斯（哈里森·福特 饰）获得好友赠送

五千年前，埃及法老胡夫（杰克·霍金斯 饰）征战后凯旋归来，带回大量的财宝和俘虏。为了从来世中获得永生，他下令建造一座最大的陵墓。战俘建筑师瓦石塔（詹姆斯·罗伯逊·贾斯蒂 饰）与胡夫达成协议，利用自己的设计才能，按照工程进度分批释放同胞。野心勃勃的皇妃奈丽佛（琼·柯琳斯 饰）在金字塔即将完工时，相继谋杀了皇后奈拉（Kerima 饰）和法老胡夫。皇家祭司哈马（Alex Minotis 饰）在最后时刻把自由还给瓦石塔及其族人，将胡夫下葬后，与奈丽佛在金字塔中同归于尽。

2095年，纽约市上空突然出现了来历不明的金字塔飞行物体，没有人知道里面藏着什么。事实上，藏身其中的就是埃及诸神，其中还禁闭着一个被诸神判刑的鹰头人身神袛--太阳神何若斯。因为太阳神只剩下七天可活，为了延长他不朽的神力，他逃离金字塔，朝混乱的尘世而来，寻找一对可以生育的男女，延续他的不朽。由于太阳神是鹰头人身的怪物，所以他必须先找到一名凡人与之合体，才能藉助该人的身体为其延续后代。