一座地中海小岛有一个名为“圣灵家族(Arcana Famiglia)”的组织，这里有着一群拥有不可思议的能力“圣灵(Arcana，直译为阿尔卡纳家)”的成员，而成立这个组织为的就是捍卫岛屿的和平。某天，一场生日派对之上，组织首脑蒙特突然突然宣布退休的消息，并决定2个月后举行“圣灵决斗(Arcana Duello)”，胜利者将可以能继承首脑的位置，并能与他的女儿菲莉琪妲结婚。这个消息震撼了所有人。就这样，拥有不可思议能力的他们开始了“圣灵决斗”，决定家族以及菲丽琪塔命运的战斗，即将展开。

在动画版故事结束的2年后，作为保护地球对抗外星威胁者的GGG对犯罪组织バイオネット进行追查，但追查的同时GGG卷入了Q零件（Qパーツ）的秘密，此时为了重建三重连太阳系而生的索路11游星主抢走Q零件并成为GGG新的敌人，为了阻止游星主的意图，GGG前往理应已毁灭的三重连太阳系，并在当地进行最后的决战……